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山口県宇部市南小串1-1-1
山口大学総合科学実験センター
資源開発分野(遺伝子実験施設)

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(2022.10.21更新)
新着情報

*お知らせ*
(2022.11.25)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

2022年12月1日から2023年1月16日まで次世代シーケンス解析キャンペーンを実施します。

RNA-seq解析は、全遺伝子発現を高精度(相関係数0.995前後)に解析できます。
分解している場合でもリボマイナスRNA-seqかTranscriptime解析(ヒト・マウスのみ)を用いることで全遺伝子解析が可能です。

今年度、最後のキャンペーンになりますので、サンプルを解析をご検討されている方は、ぜひ御連絡ください。

1.RNA-seq解析
1サンプル3.9万円(RNA抽出・正規化までのデータ解析込み)

RNAlaterに浸した組織あるいは細胞のペレットからDNase処理の高純度total RNAを抽出します。
抽出後、polyAを利用しmRNA全長を精製し、シーケンスすることで全遺伝子発現を解析します。

polyAを持たない生物種やRNAが分解している場合はリボゾーマルRNAを除去し、ランダムプライマーで逆転写します。
リボゾームRNA除去に追加費用(1サンプル7000円)が必要になります。
また、tRNAも解析するため、データ量は半分(2000万リード)になりますが、発現解析は可能です。

今回からホッピングの影響を除外するため、両末端にユニークなデュアルインデックス配列を挿入し解析します。
RNA-seq解析はNova-seq6000を持ちいて1リード50bpの解析で1サンプル当たり4000万程度のデータを算出します。
データは、正規化(TPMおよにRPKM)しエクセルファイルでご返却します。
サンプルの純度が悪い場合はNext-seqでの解析となり、1リード75bpで2000万リードになります、

2.RNA Transcriptome解析 (旧SAGE解析)
1サンプル3.8万円(RNA抽出込み)3サンプル毎に1サンプル無償解析

ヒトかマウスに限定されますが、約2万以上の遺伝子に対してプライマーを設計し、次世代シーケンサ(Ion S5)で発現解析します。

発現しているほぼ全ての遺伝子に対してプライマーを設計しています。
短い断片を解析するので、RNAが分解していても解析が可能です。
新鮮な組織標本からの抽出物も解析できます。

共同研究の有無に関係なく、希望者には主成分分析および階層型クラスター分析の結果もご返却します。

RNA発現解析をご検討されている方は、ぜひ遺伝子実験施設(cgryu@yamaguchi-u.ac.jp)まで事前にご相談ください。

中国地方バイオネットワークに所属している大学は学内料金で解析します。
学外の方は事務手数料5%が必要になりますが、USBメモリーや輸送費などに充当します。

みなさまのご依頼をお待ちしています。


*お知らせ*
(2022.11.11)

山口大学遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

2022年11月14日(月)からオリゴDNAの注文方法が、ホームページからの発注に変更になります。

既に登録済みの方は、ファスマックの注文サイトに入っていただき、IDとパスワードを入力してください。
注文者毎のサイトがありますので、このサイトから発注をお願い致します。

まだ、登録されていない方は、遺伝子実験施設に事前登録のメールをお送りください。
ファスマックからID番号とパスワード取得先が表示されます。
必要事項をご記入いただければ、各自のメールアドレスにパスワードが届きます。

パスワードを紛失された方もパスワード取得のURLから入っていただければ再発行されます。

IDを忘れた方はメールアドレスでも注文サイトに入ることができます。

オリゴの受取方法や支払い請求は従来と同じです。

ホームページから発注後30分以内であれば、ホームページ上からキャンセルすることも出来ます。
ホームページから過去の注文を確認することもできます。

ご不明な点があれば遠慮なく、遺伝子実験施設までお問い合わせください。

どうぞよろしくお願い致します。

遺伝子実験施設への事前登録(エクセル書式)をメールで送る
事前登録用紙のダウンロード

遺伝子実験施設


ファスマックからID番号、パスワード取得先を受け取る

ファスマックの注文サイト(https://www.bio.fasmac.co.jp/Unitcontract/ja-JP/Account/LoginContract.mvc?str=PNRAFyo3XCmsBPzcGbgHqhCeeg1TRkEoWQ7FepRZ73k=)
にアクセスし、注文する。

ファスマックからmail着信の確認として、折り返し納期(出荷予定日)を返送

オリゴDNAを宅急便で受け取る

遺伝子実験施設からの請求書に従って支払いを行う校費、委任経理金の場合は3ヶ月毎に遺伝子実験施設から請求科研費の場合は注文毎に支払い(請求書を本人宛に送付)

*お知らせ*
(2022.9.15)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

いつも遺伝子実験施設をご利用いただきありがとうございます。

2022年9月15日から施設内に各自のUSBメモリや外付けHDDの持ち込みを禁止しています。

今後は、USB以外に大容量データを移動するための1TBのSSDメモリも準備致します。
SSDは、2階入口と3階入口のUSB貸出ボックスに準備しますので、USBメモリと同様に使用時にノートに記載してください。
SSDメモリを買い取る場合は18000円をご請求させていただきます。

保存したデータを施設内に持ち込む場合は、施設の初期化USBや初期化SSDを使用し、必ずウイルスチェックを行ってください。
USBメモリ貸出台にデータ持込みシートを準備しますので、持込時に記載してください。

ウイルスが見つかった場合は、全てのデータを消去することになりますので、十分にご注意ください。

どうぞよろしくお願い致します。


*お知らせ*
(2021.1.19)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

遺伝子実験施設・3階 細胞構造解析室のIN Cell Analyser (GEヘルスケア) について
イニシャライズ時に不具合が発生し、使用できない状態になっています。

修理までの間しばらくお待ちください。


>>新着情報バックナンバー

研究成果

*共同獣医学部との共同研究の論文が受理されました。
(2022.7.19)
Dimas Arya Abdillah et al, Age‐associated changes in gene expression in the anterior pituitary glands of female Japanese black cattle, Mammalian Genome, in press (2022), (IF=3.224)

*ロート製薬、愛媛大学医学部との共同研究の論文が受理されました。
(2022.6.6)
Hu, L. et al, Anti-inflammatory effects of differential molecular weight hyaluronic acids on UVB-induced calprotectin-mediated keratinocyte inflammation, J. Dermacol. Sci., in press (2022), (IF=4.563)

*口腔外科との共同研究の論文が受理されました。
(2022.6.6)
Harada, K., et al., An elemental diet protects mouse salivary glands from 5-fluorouracil-induced atrophy, Oncol Lett., 2022 Jun;23(6):178 (2022), (IF=2.967)

*広島大学鈴木教授との共同研究論文が受理されました。
(2021.9.28)
Xu, W., et al, Hydrogen sulfide suppresses the proliferation of intestinal epithelial cells through cell cycle arrest, Arch. Biochem. Biophys., in press (2021), (IF=3.391)

*施設教員の共同研究論文が受理されました。
(2021.5.26)
Shimizu, F., et al., GRP78 antibodies are associated with blood-brain barrier-breakdown in anti-myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody-associated disorder, Neurology: Neuroimmunology & Neuroinflammation, in press (2021), (IF=7.724)

>>研究成果バックナンバー