問い合わせ先:
〒755-8505 
山口県宇部市南小串1-1-1
山口大学総合科学実験センター
資源開発分野(遺伝子実験施設)

Tel: 0836-22-2183(施設長室)
   0836-22-2184(研究室)
Fax: 0836-22-2185

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(2022.12.22更新)
新着情報

*お知らせ*
(2023.1.6)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

3階微生物に設置していますアマシャムイメージャーの修理が完了しました。

解析は当面の間、コンピュータモニターから操作してください。

コンピュータにはアマシャムイメージャー本体(DVI)と解析コンピュター(VGA)が接続されています。
画面に目的の解析が表示されない場合は、モニターの切替を行い、ご確認ください。

不明な点があれば施設職員までお問い合わせください。

どうぞよろしくお願い致します。


*お知らせ*
(2022.12.27)

山口大学遺伝子実験施設をご利用のみなさまへ

いつも遺伝子実験施設をご利用いただきありがとうございます。

粒子径測定装置VideoDrop(メイワフォーシス)が導入されました。
この装置は、ウイルス粒子やエクソソーム、リポソームなどの粒子を検出し、簡便に粒子サイズや粒子径を測定する装置です。
これまで、ウイルスやエクソソームなどの粒子を正確に検出することは難しく、特殊な機器や長時間が必要でした。

この装置は顕微鏡での画像と移動度を組み合わせることで数分以内にエクソソームやウイルス粒子の測定が可能になります。
粒子を正確に測定することでエクソソームの遺伝子解析やウイルスベクターの精度は大幅に向上します。

粒子径測定装置にご興味のある方はぜひご参加ください。

粒子径測定装置 VideoDrop (メイワフォーシス株式会社)の機器説明会

日時:2023年1月19日木曜日16時00分より約1時間
場所:山口大学大学研究推進機構・遺伝子実験施設
3階カンファレンス室およびZOOMでのハイブリッド

内容:近年、生体微粒子や大気中微粒子、ウイルスの研究が盛んに行われています が、その研究において、これらの粒子サイズ(nm)と濃度(個数/mL)を正確に捉え ることは重要であり、様々な方法で測定されてきました。このVideoDropは微粒子の 画像データからサイズと濃度を簡便かつ正確に測定する新しい測定技術です。
どなたでも簡単に測定できる装置となっております。

・VideoDropで測定できること
ワンドロップ(5〜10μL)かつ最短40秒でナノ粒子計測
一般手的なナノ粒子解析装置よりはるかに簡単にサイズ (nm) & 濃度 (個数/mL) を
算出そして視覚的にサンプル状態を確認できます。
・測定サンプルについて
サイズレンジ 80nm-1,000nm
サンプル量と濃度 可能な限り濃い状態 (5×10^8粒子/mL以上が推奨)で10μL以上。
希釈用のBufferをご用意いただくと希釈、検量線の作成も可能

機器説明会に参加を希望される方は、遺伝子実験施設までメール(cgryu@yamaguchi-u.ac.jp)で参加人数をご連絡ください。
ZOOMでの参加を希望される方にはリンクをご案内致します。

当日参加出来ない方(学内限定)には、後日、講習会映像を配信させていただきます。

どうぞよろしくお願い致します。


*お知らせ*
(2022.11.25)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

2022年12月1日から2023年1月16日まで次世代シーケンス解析キャンペーンを実施します。

RNA-seq解析は、全遺伝子発現を高精度(相関係数0.995前後)に解析できます。
分解している場合でもリボマイナスRNA-seqかTranscriptime解析(ヒト・マウスのみ)を用いることで全遺伝子解析が可能です。

今年度、最後のキャンペーンになりますので、サンプルを解析をご検討されている方は、ぜひ御連絡ください。

1.RNA-seq解析
1サンプル3.9万円(RNA抽出・正規化までのデータ解析込み)

RNAlaterに浸した組織あるいは細胞のペレットからDNase処理の高純度total RNAを抽出します。
抽出後、polyAを利用しmRNA全長を精製し、シーケンスすることで全遺伝子発現を解析します。

polyAを持たない生物種やRNAが分解している場合はリボゾーマルRNAを除去し、ランダムプライマーで逆転写します。
リボゾームRNA除去に追加費用(1サンプル7000円)が必要になります。
また、tRNAも解析するため、データ量は半分(2000万リード)になりますが、発現解析は可能です。

今回からホッピングの影響を除外するため、両末端にユニークなデュアルインデックス配列を挿入し解析します。
RNA-seq解析はNova-seq6000を持ちいて1リード50bpの解析で1サンプル当たり4000万程度のデータを算出します。
データは、正規化(TPMおよにRPKM)しエクセルファイルでご返却します。
サンプルの純度が悪い場合はNext-seqでの解析となり、1リード75bpで2000万リードになります、

2.RNA Transcriptome解析 (旧SAGE解析)
1サンプル3.8万円(RNA抽出込み)3サンプル毎に1サンプル無償解析

ヒトかマウスに限定されますが、約2万以上の遺伝子に対してプライマーを設計し、次世代シーケンサ(Ion S5)で発現解析します。

発現しているほぼ全ての遺伝子に対してプライマーを設計しています。
短い断片を解析するので、RNAが分解していても解析が可能です。
新鮮な組織標本からの抽出物も解析できます。

共同研究の有無に関係なく、希望者には主成分分析および階層型クラスター分析の結果もご返却します。

RNA発現解析をご検討されている方は、ぜひ遺伝子実験施設(cgryu@yamaguchi-u.ac.jp)まで事前にご相談ください。

中国地方バイオネットワークに所属している大学は学内料金で解析します。
学外の方は事務手数料5%が必要になりますが、USBメモリーや輸送費などに充当します。

みなさまのご依頼をお待ちしています。


*お知らせ*
(2022.9.15)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

いつも遺伝子実験施設をご利用いただきありがとうございます。

2022年9月15日から施設内に各自のUSBメモリや外付けHDDの持ち込みを禁止しています。

今後は、USB以外に大容量データを移動するための1TBのSSDメモリも準備致します。
SSDは、2階入口と3階入口のUSB貸出ボックスに準備しますので、USBメモリと同様に使用時にノートに記載してください。
SSDメモリを買い取る場合は18000円をご請求させていただきます。

保存したデータを施設内に持ち込む場合は、施設の初期化USBや初期化SSDを使用し、必ずウイルスチェックを行ってください。
USBメモリ貸出台にデータ持込みシートを準備しますので、持込時に記載してください。

ウイルスが見つかった場合は、全てのデータを消去することになりますので、十分にご注意ください。

どうぞよろしくお願い致します。


*お知らせ*
(2021.1.19)

遺伝子実験施設利用者のみなさまへ

遺伝子実験施設・3階 細胞構造解析室のIN Cell Analyser (GEヘルスケア) について
イニシャライズ時に不具合が発生し、使用できない状態になっています。

修理までの間しばらくお待ちください。


>>新着情報バックナンバー

研究成果

*共同獣医学部との共同研究の論文が掲載されました。
(2023.1.10)
Igase, M. et al, The effect of 5-aminolevulinic acid on canine peripheral blood mononuclear cells, Vet. Immunol. Immunopathol., (2022) Sep;251:110473, (IF=2.046)

*神経内科との共同研究の論文が受理されました。
(2022.12.28)
Sato, R. et al, TNF-α increases penetration of MAG antibodies across the blood-nerve barrier in anti-MAG neuropathy, Neurol. Neuroimmunol. & Neuroinflamm., in press (2022), (IF=8.485)

*愛媛大学医学部皮膚科との共同研究の論文が受理されました。
(2022.12.28)
Muto, J. et al, Advanced organotypic human skin culture method by trehalose-induced transient senescence-associated secretory phenotype in fibroblasts, Communi Biol, 2023 Jan 6;6(1):13. doi: 10.1038/s42003-022-04408-3, (IF=5.489)

*共同獣医学部との共同研究の論文が受理されました。
(2022.7.19)
Dimas Arya Abdillah et al, Age‐associated changes in gene expression in the anterior pituitary glands of female Japanese black cattle, Mammalian Genome, in press (2022), (IF=3.224)

*ロート製薬、愛媛大学医学部との共同研究の論文が受理されました。
(2022.6.6)
Hu, L. et al, Anti-inflammatory effects of differential molecular weight hyaluronic acids on UVB-induced calprotectin-mediated keratinocyte inflammation, J. Dermacol. Sci., in press (2022), (IF=4.563)

*口腔外科との共同研究の論文が受理されました。
(2022.6.6)
Harada, K., et al., An elemental diet protects mouse salivary glands from 5-fluorouracil-induced atrophy, Oncol Lett., 2022 Jun;23(6):178 (2022), (IF=2.967)

*広島大学鈴木教授との共同研究論文が受理されました。
(2021.9.28)
Xu, W., et al, Hydrogen sulfide suppresses the proliferation of intestinal epithelial cells through cell cycle arrest, Arch. Biochem. Biophys., in press (2021), (IF=3.391)

*施設教員の共同研究論文が受理されました。
(2021.5.26)
Shimizu, F., et al., GRP78 antibodies are associated with blood-brain barrier-breakdown in anti-myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody-associated disorder, Neurology: Neuroimmunology & Neuroinflammation, in press (2021), (IF=7.724)

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